アルバムの保護フィルムはめくってスキャンするのですか?

いいえ。通常は保護フィルムの上からスキャンします。フィルムをめくると写真の劣化が加速する上、台紙や写真を破損するリスクがあるからです。フィルムが極端に痛んでいない限り、上からでもあまり画質は低下しません。