アルバムの保護フィルムはスキャンするときにめくるのですか？

いいえ。通常は保護フィルムの上からスキャンします。フィルムをめくると写真が空気に触れることで劣化が加速する上、はがすときに台紙や写真を破損するリスクがあるので原則はめくりません。フィルムが極端に痛んでいない限り、上からでもあまり画質は低下しません。